Nagtatampok ang Persona 3 Reload ng mga nakakaengganyong laban sa Tartarus at sa buong mundo. Bilang karagdagan sa mapaghamong mga boss ng Tartarus at ang 12 Arcana Shadows, may mga bagong story encounter sa remake. Isa sa mga pagtatagpo na ito ay ang Anino ng Kalaliman.
Ang Shadow of the Abyss ay isang natatanging Shadow na lumalabas noong Agosto 14. Sa panahon ng isang kaganapan sa kwento, nakasalubong ng Protagonist si Takaya na humaharap sa isang Shadow na kahawig ni Abaddon ng Devil Arcana. Pagkatapos ng isang pag-uusap, ang Protagonist ay nakipagtulungan kay Takaya upang talunin ang Anino.
Ang kahirapan ng paglaban sa Shadow of the Abyss ay nakasalalay sa napiling antas ng kahirapan. Sa Hard or Merciless na kahirapan, mahalagang malaman ang mga kahinaan ng Shadow at ang pinakamahusay na diskarte upang talunin ito.
Sa kasamaang palad, ang Shadow of the Abyss ay walang mga kahinaan upang pagsamantalahan at lumalaban sa lahat ng pag-atake. Gayunpaman, dahil ito ay isang labanan ng kuwento, hindi mo kailangang maghanda ng iba't ibang Persona. Kung naglalaro sa mas mataas na kahirapan, inirerekomendang mag-fuse ng Healing Persona para sa tatlong liko ng labanan.
Matapos makaligtas sa tatlong pagliko, si Takaya ay mamagitan at sisirain ang Persona sa pamamagitan ng isang malakas na pag-atake, talunin ang Shadow of the Abyss at tapusin ang labanan sa kuwento.
Ipinakilala ng Persona 3 Reload ang Shadow of the Abyss bilang kakaibang story encounter. Sa kabila ng paglaban nito sa mga pag-atake, malalampasan ng mga manlalaro ang hamon na ito sa pamamagitan ng pag-survive ng tatlong pagliko at pag-asa sa tulong ni Takaya. Maghanda nang naaayon at tamasahin ang labanan!